Dönem Projesi
Kendi veri setiniz, kendi deponuz, kendi raporunuz
Her öğrenciye, konuk katılımcılar dâhil, farklı bir biyomedikal veri seti ve klinik soru verildi. Beş veri türünün her biri sınıfta temsil ediliyor: klinik tablo, elektronik sağlık kaydı, sinyal, görüntü ve omik. Kod GitHub'da, rapor LaTeX'te, veri ise yalnızca indirme talimatıyla paylaşılır.
Projemi bul
Öğrenci numaranızı yazın
Numaranız hiçbir yere gönderilmez. Her kart, sahibinin numarasından türetilen bir anahtarla şifrelenmiştir; tarayıcınız aynı anahtarı türetir ve yalnızca sizin kartınızı çözebilir. Sayfanın kaynağında da şifreli metinden başka bir şey yoktur.
Projeniz
Sınıfta sekiz proje ve beş veri türü var. Kartınız veri setini, klinik soruyu, önerilen adımları ve sık yapılan hataları içerir.
Henüz bir proje gösterilmiyor. Yukarıdaki kutuya öğrenci numaranızı yazın.
Teslimler ve takvim
Üç teslim var; hepsi GitHub deposu üzerinden. Her teslimde depo bağlantısını e-posta ile gönderin; depo herkese açık ya da öğretim üyesine erişim verilmiş özel olabilir.
- 0
14 Ekim (Hafta 4)
Projeler dağıtılır. Veri setinin bağlantısını açın, indirin, bir göz atın.
- 1
4 Kasım (Hafta 7)
Teslim 1 · Depo bağlantısı: README taslağı, data/README.md (indirme talimatı), veriyi yükleyip tanıyan ilk defter.
- 2
2 Aralık (Hafta 11)
Teslim 2 · Ara rapor: keşifçi analiz, ön işleme kararları, temel model ve klinik metrikler (rapor/main.pdf taslağı).
- 3
23 Aralık (Hafta 14)
Teslim 3 · Son rapor (PDF) ve tamamlanmış depo; son derste 5 dakikalık sunum.
GitHub deposu
Depo, projenizin tamamını başkasının tekrar üretebileceği biçimde taşır. Veri dosyası asla depoya konmaz; onun yerine indirme talimatı yazılır. Şablonu indirip kendi deponuza açın:
Depo şablonunu indir (.zip) GitHub'da yeni depo aç ↗
proje-sablonu/
├── README.md ← klinik soru, veri, yöntem, sonuç, nasıl çalıştırılır
├── .gitignore ← veri ve LaTeX ara dosyalarını dışarıda tutar
├── requirements.txt ← kütüphane sürümleri
├── data/README.md ← verinin nereden, nasıl indirileceği (veri yok!)
├── notebooks/ ← 01_baslangic.ipynb, 02_model.ipynb, 03_aciklama.ipynb
├── src/metrikler.py ← tekrar kullanılan fonksiyonlar
└── rapor/main.tex ← LaTeX rapor, kaynaklar.bib, sekiller/, main.pdfREADME'nin iyi olması notun bir parçasıdır. Depoyu açan biri beş dakikada şunları anlamalı: hangi klinik soru, hangi veri, hangi yöntem, ana sonuç ne ve kod nasıl çalıştırılır. Şablondaki başlıklar bu sırayı verir; cümleleri siz yazın.
LaTeX rapor
Rapor LaTeX ile yazılır ve derlenmiş PDF'siyle birlikte deponun rapor/ klasöründe durur. Şablon, TRIPOD+AI raporlama standardının derse uyarlanmış hâlidir; bölümleri sabit, cümleleri boş. En kolay yol Overleaf: ZIP'i yükleyin, main.tex içindeki künye satırlarını doldurun, derleyin.
Rapor şablonunu indir (.zip) main.tex kaynaklar.bib Overleaf ↗
Bölümler ve beklenen uzunluk
| Bölüm | Ne yazılır | Uzunluk |
|---|---|---|
| Özet | Soru, veri, yöntem, ana sonuç, sınırlılık | ≤ 200 kelime |
| Giriş ve klinik soru | Problem bir klinisyene anlatılır gibi; etiketin tanımı; ≥ 3 atıf | 1 sayfa |
| Veri | Kaynak, erişim, özet tablo, keşifçi analiz (≤ 2 şekil) | 1–1,5 sayfa |
| Yöntem | Ön işleme kararları ve gerekçeleri, doğrulama tasarımı, modeller, ölçütler | 1,5–2 sayfa |
| Sonuçlar | Başarım tablosu (ortalama ± s.s.), ROC + kalibrasyon şekli, alt-grup varsa | 1–1,5 sayfa |
| Açıklanabilirlik | Bir küresel, bir yerel açıklama; klinik anlamı | 1 sayfa |
| Tartışma ve sonuç | Klinik anlam, literatür, sınırlılık, kliniğe giriş için ne gerekir | 1 sayfa |
Toplam 8–10 sayfa; şekil ve tablolar dâhil, kaynakça hariç. Türkçe yazılır; terimlerin ilk geçtiği yerde İngilizcesi parantez içinde verilebilir.
Değerlendirme
Proje 100 puan üzerinden değerlendirilir; dönem notuna katkısı derste duyurulur. Ağırlıklar, dersin vurgusunu yansıtır: en çok puan doğrulama tasarımına ve klinik değerlendirmeye gider, en az puan sunuma.
| Ölçüt | Puan | Neye bakılır |
|---|---|---|
| Klinik soru ve veri anlayışı | 15 | Soru net mi, etiket nasıl tanımlanmış, veri türünün tuzakları fark edilmiş mi? |
| Ön işleme ve doğrulama tasarımı | 20 | Eksik veri kararı gerekçeli mi, sızıntı önlenmiş mi, bölme hasta-bazlı mı? |
| Modelleme | 15 | Temel model + en az bir ileri model; hiperparametre arama dürüst mü? |
| Klinik değerlendirme | 20 | ROC/PR, kalibrasyon, eşik gerekçesi, karar eğrisi; alt-grup analizi varsa artı. |
| Açıklanabilirlik | 15 | Küresel ve yerel açıklama; klinik olarak anlamlı mı tartışılmış mı? |
| Depo, README ve tekrarlanabilirlik | 10 | Depo düzeni, README'nin açıklayıcılığı, ortam dosyası, tohum, veri talimatı. |
| Rapor ve sunum | 5 | LaTeX şablonuna uygun, şekil/tablo okunur, kaynakça düzgün. |
Kurallar ve etik
- Veri paylaşımı yok. Veri dosyası depoya, Drive bağlantısına ya da rapora konmaz; yalnızca kaynağa bağlantı ve indirme talimatı. Erişim sözleşmesi gerektiren veriler (MIMIC gibi) için sözleşme koşulları aynen geçerlidir.
- Bireysel çalışma. Fikir alışverişi serbest, kod ve metin paylaşımı değil. Deponuzdaki her commit sizin olmalı.
- Dürüst doğrulama. Test kümesine bir kez bakılır. Sızıntı fark edilirse düzeltilip raporda belirtilir; gizlemek, düşük AUC'den çok daha kötüdür.
- Veri değişikliği. Atanan veri setine erişemezseniz ya da tez konunuza daha uygun açık bir veri seti varsa 2. teslimden önce e-posta ile gerekçenizi yazın; uygun görülürse değiştirilir.
Sorular için fucar@firat.edu.tr ya da ofis saati randevusu.